לפני תכנון לוח מעגלים PCB רב שכבתיים, המתכנן צריך לקבוע תחילה את מבנה המעגלים המשמשים בהתאם לקנה המידה של המעגל, גודל המעגל ודרישות התאימות האלקטרומגנטית (EMC), כלומר להחליט האם להשתמש ב-4 שכבות, ב-6 שכבות, או בלוח PCB של יותר שכבות. לאחר קביעת מספר השכבות, קבע היכן למקם את השכבות החשמליות הפנימיות וכיצד להפיץ את האותות השונים על שכבות אלו. זוהי הבחירה של מבנה ערימת PCB רב-שכבתי.
המבנה המוערם הוא גורם חשוב המשפיע על ביצועי ה-EMC של לוח ה-PCB, והוא גם אמצעי חשוב לדיכוי הפרעות אלקטרומגנטיות. חלק זה יציג את התוכן הקשור של מבנה ערימת לוח ה-PCB הרב-שכבתי. בחירת מספר השכבות ועקרון הסופרפוזיציה - ישנם גורמים רבים שצריך לקחת בחשבון כדי לקבוע את המבנה המרובד של לוח ה-PCB הרב-שכבתי. מבחינת חיווט, ככל שיותר שכבות, כך ייטב החיווט, אך גם העלות והקושי בייצור לוחות יעלו. עבור יצרנים, האם מבנה הלמינציה הוא סימטרי או לא הוא המוקד שיש לשים לב אליו בעת ייצור לוחות PCB, ולכן בחירת מספר השכבות צריכה להתחשב בצרכים של היבטים שונים כדי להשיג את האיזון הטוב ביותר. עבור מעצבים מנוסים, לאחר השלמת לאחר הפריסה המוקדמת של הרכיבים, יתבצע ניתוח מפתח על צוואר הבקבוק של הניתוב של ה-PCB.
לבסוף, שלב כלים אחרים של EDA כדי לנתח את צפיפות החיווט של המעגל; לאחר מכן שלבו את מספר וסוגי קווי האות עם דרישות חיווט מיוחדות, כגון קווים דיפרנציאליים, קווי אות רגישים וכו', כדי לקבוע את מספר השכבות של שכבת האות; לאחר מכן בהתאם לסוג אספקת החשמל, הדרישות לבידוד ולמניעת הפרעות כדי לקבוע את מספר השכבות הפנימיות. בדרך זו, מספר השכבות של כל לוח המעגלים נקבע בעצם.
